PubMed myNCBI shared collections omzetten naar een PMID lijst

Ik heb van een klant een MyNCBI collectie gelinkt gekregen die ik wil vergelijken met een zoekactie die ik voor haar heb gedaan.

Normaal gebruik ik dan Display Settings > PMID list, maar dat werkt hiet niet.
Send to Clipboard werkt niet.
Versturen naar EndNote kan ook niet, want Send to file kan alleen als Summary of XML.

Ik heb het dan maar zo opgelost dat ik send to file met opmaak Summary. Vervolgens de tekst 'PubMed [citation]' vervangen door een ^p (harde return) omdat anders het PMID niet op een nieuwe regel begint. Dan de tekst sorteren en het gedeelte dat begint met PMID eruit knippen. Dan nog twee keer zoek en vervang om er een mooie lijst van te maken, die plakken in PubMed en dan heb je er 68 van de 74 gevonden.

Dat zou toch makkelijker moeten kunnen? Waarom hebben ze dat zo dichtgezet?

Wat scopus wel kan (kon) en Web of Science niet

Ik had een handig truc ontdekt voor de evaluatie van tijdschriftabonnementen. Helaas is Scopus geupdate en werkt het nu niet meer. Ik heb het ze al gemeld, hopelijk zetten ze het snel weer terug.

In Scopus zocht ik op affiliation Erasmus MC, en selecteerde de artikelen die onze medewerkers in het afgelopen jaar hebben gepubliceerd. Vervolgens vroeg ik de gerefereerde artiekelen van al die hits op (dat gaat helaas maar van 2000 tegelijk).

Daarmee kreeg ik de 58000 artikelen waaruit onze medewerkers het afgelopen jaar hebben geciteerd! Dat is een interessante lijst! Beter dan de statistieken, want hier zie je aan welke tijdschriften werkelijk behoefte is.

Helaas houdt het nu hier op. In het verleden kon ik met de limits prachtig bekijken in welke tijdschriften deze artikelen gepubliceerd waren (alleen het exporteren naar excel was erg lastig). Sinds scopus een update heeft uitgevoerd gaat het exporteren naar Excel met een druk op de knop, maar nu zijn juist de waardevolle gegevens van de tijdschrifttitels uit de limits verdwenen.

Web of Science komt hier niet in de buurt overigens. Daar houdt het al op bij het vinden van de artikelen die onze organisatie heeft geschreven, want je kunt van die lijst niet in een keer alle gerefereerde artikelen downloaden.

BSGR maakt een zootje van de #WOZ (kassa!)

Bezwaar ingediend tegen de WOZ van vorig jaar. Blijkt de WOZ waarde in het taxatierapport opeens €25000 onder de waarde te liggen waarop de berekening van de gemeentelijke belastingen is gebaseerd.

Voor dit jaar ook bezwaar aangetekend, staat er nu op de site ook een taxatie die doodleuk €11000 lager is dan die waarop mijn belastingen zijn gebaseerd. Wat een zootje maken ze ervan!

KASSA!
Gelukkig had de afhandeling van mijn bezwaar van vorig jaar zolang geduurd dat ik ze in gebreke kon stellen. Het duurde toen nog zolang dat ze mij de maximale boete van €1260 moesten betalen (dat was meer dan de hele gemeentelijke belasting).

Refworks niet geschikt voor het echte werk

Als informatiespecialist help ik meerdere keren per week klanten regelmatig met het uitvoeren van literatuuronderzoek voor systematic reviews. Hiervoor importeer ik grote aantallen referenties uit PubMed, Embase en nog wat meer databanken, dedupliceer die in EndNote en geef het bestand mee aan de klant, de onderzoeker die de systematic review gaat uitvoeren.

Veel universiteiten stappen momenteel over op RefWorks. Het biedt veel voordelen waarvan de grootste is dat het volledige webbased is. Ook zou het gebruiksvriendelijker zijn omdat je met direct export een directe koppeling hebt, zonder tussenbestand.

Echter het werk als informatiespecialist is het niet werkbaar. Importeren gaat erg traag, wanneer je voor een systematic review duizenden records moet inlezen kan dat wel een kwartier duren (terwijl de klant zit te wachten). Dedupliceren kan vervolgens op twee manieren, exact of globaal. Bij exact moeten de records exact overeenkomen, wat bij importeren uit twee databases nooit het geval is. PubMed schrijft tijdschrifttitels afgekort (J Am Med Ass), Embase voluit (Journal of the American Medical Association, of JAMA), PubMed kort paginanummers af (145-8) Embase schrijft ze voluit (145-148), PubMed kent maar twee voorletters per auteur, andere databases geven ze allemaal (om nog maar niet te spreken van namen als L. Huang.en H.Li die na onderzoek ook gelijk blijken).

In EndNote dedupliceren we daarom in meerdere stappen: eerst op auteur, jaartal, titel en pagina (de paginanummers kunnen we daar met een foefje omzetten zodat ook de PubMed records niet afkorten), vervolgens gaan we met de velden spelen, zodat uiteindelijk alle dubbelen verdwenen zijn. Wanneer je in Refworks globaal dedupliceert vind je erg veel gelijkende records toch niet hetzelfde zijn. Enorm veel werk om dat allemaal te controleren.

Het werken voor meerdere klanten is niet gemakkelijk. Je kunt folders maken, geen aparte bestanden. Oplossing zou dan zijn om de klant te laten inloggen op zijn eigen RefWorks account, en daar het importeren te doen. Het dedupliceren gaat echter over de hele database, niet per folder. Wanneer de klant bezig is met onderzoek heeft hij/ zij vast al relevante literatuur verzameld en is de klant groot dat een deel daarvan ook in deze zoekactie naar voren zal komen. Met dedupliceren haal je dan de nieuwste records weg, waardoor de aantallen die je in je artikel noemt niet meer kloppen.

Ik ben heel blij dat wij bij het Erasmus MC nog steeds EndNote kunnen gebruiken, en verkondig dat ook aan iedereen die ik over de grote voordelen van RefWorks hoor praten. Een oproep aan alle universiteiten daarom: denk na voordat je overstapt op RefWorks. Maak de grootverbruiker het werk niet onmogelijk.

iGO zet Zeeland blank

Leuke App van iGO, met kaarten van Europa, maar ze weten blijkbaar niet dat de watersnood van 1953 toch weer grotendeels hersteld is. Heel Zeeland staat blank.

Gelukkig hebben ze wel de ondergelopen delen van de St Elizabethsvloed weer boven water weten te halen...

Vraag blijft nog wel waarom ze die Langeweg zo belangrijk vinden.

Tijdelijke verlaging #overdrachtsbelasting op deze manier onzinnig

Het kabinet heeft aangekondigd met onmiddelijke ingang de overdrachtsbelasting tijdelijk voor een jaar te verlagen naar 2%. Wanneer je het goed bekijkt heeft dit echter maar ongeveer een half jaar effect op de woningmarkt. Ik zal dat uitleggen:

Als ijkpunt wordt de uiteindelijke datum van overdracht, dus het moment dat je bij de notaris zit genomen. Mensen die nu bij de notaris zitten zijn ongeveer een half jaar geleden op huizenjacht geweest, en hebben toen die beslissing genomen om een huis te kopen, wetende dat daar 6% overdrachtsbelasting bij kwam. Die krijgen nu met terugwerkende kracht een cadeautje wat niets toevoegt aan de kwakkelende huizenmarkt.

Mensen die nu gebruik willen maken van de goedkopere overdrachtsbelasting moeten nu als een gek naar een huis gaan zoeken, is er meer vraag, dus stijgt de prijs wordt het effect van die 4% weer te niet gedaan.

Bovendien moeten ze dan wel nu binnen een half jaar ongeveer een voorlopige koopacte hebben getekend, om over een jaar bij de notaris te kunnen zitten.

Het kabinet had beter nu kunnen aankindigen in 2012 de overdrachtsbelasting te verlagen, dan gingen mensen nu kijken en de koopacte in 2012 tekenen. dan heb je een heel jaar de huizenmarkt opgekrikt.

overstap aansluitingen in de trein ( @ns_online )

Ik vraag me nog steeds af wat het nut is van het omroepen van overstap mogelijkheden in de trein. Vanochtend kwam ik om 8.35 aan Rotterdam Centraal. Er werden heel veel mogelijkheden omgeroepen die allemaal rond 9:00 zouden vertrekken, waaronder de trein naar Parijs. Me dunkt, als je naar Parijs gaat check je dat toch wel voor je vertrekt. En als je 20 minuten overstaptijd hebt heb je tijd genoeg om de borden te checken...

Wat wel nuttig is: treinen omroepen die binnen enkele minuten vertrekken en die met een sprintje nog gehaald kunnen worden. Je hebt dan geen tijd om op de borden te kijken, maar kunt met die informatie nog wel een niet gegarandeerde aansluiting halen, zodat je mogelijk eerder op je bestemming bent.

Rabobank lijkt zelf wel te phishen

Mijn creditcard was volgens een brief van de Rabobank gebruikt voor mogelijk frauduleuze handelingen, en derhalve geblokkeerd, melde mij een brief. Erbij een telefoonnummer dat gebeld kon worden om eea op te lossen.

In goed vertrouwen belde ik het nummer, en ik kreeg de Rabobank cardservice aan de lijn. Mevrouw vroeg om mijn cardnummer, dat gaf ik haar. Ze vroeg mijn naam om te checken of ze de juiste persoon voor zich had. Vervolgens vroeg ze mijn adres, ik noemde postcode en huisnummer, nee ze had ook straat en plaatsnaam nodig. Vervolgens vroeg ze mijn geboortedatum...

Op dat moment werd het mij te gortig. Ik zei: 'Ik bel toch wel met de Rabobank? Mevrouw u stelt mij teveel vragen, wie zegt mij dat u bent die u zich voordoet'.

Ik heb de verbinding verbroken en heb mijn lokale Rabobank gebeld. Daar vertelde men mij dat mijn card inderdaad geblokkeerd was en men verbond mij door met dezelfde cardservice. Dezelfde vragen die ik nu wel heb beantwoord, inclusief het rekeningnummer waar de bedragen vanaf werden geboekt.

Dat zou ook anders moeten kunnen toch: vraag alleen naar de letters van de postcode, de dag van geboorte en de laatste 3 cijfers van het rekeningnummer, dat moet toch voldoende zijn?

Dat nog niemand op het idee is gekomen eens zo tegaan phishen verbaast mij, of zie ik dat over het hoofd? Zo kom je wel aan iemands persoonlijke gegevens.

Ik ben wel trots op mijzelf dat ik hier niet met beide benen in trapte (hoewel het geen oplichting was dit keer).

Meneer van Dalen zoekt anders in PsycInfo

Meneer Van Dalen Wacht Op Antwoord is bekend in de wiskunde. Ook in zoekacties van databases geldt iets dergelijks bij de volgorde van Booleaanse operatoren. OR wordt in de regel afgehandeld voor AND.

Ik had een fout gemaakt in een zoekactie. Op twee pagina's met termen ontbrak een klein woordje OR, die werd dan automatisch en onzichtbaar vervangen door een AND. Maar daardoor kwam ik er achter dat PsycInfo het blijkbaar anders ziet. Invullen van het ontbrekende OR leverde maar 3 hits meer, terwijl in PubMed en Embase in plaats van 500 meer dan 3000 artikelen werden gevonden.

Blijkbaar ziet PsycInfo A OR B C OR D als A OR (B AND C) OR D, terwijl PubMed en Embase er (A OR B) AND (C OR D) in lezen. Vreemd! Het blijft dus zaak je haakjes goed te plaatsen.

PubMed en alternatieve geneeskunde, geen succes

Ik deed vandaag voor een klant een literatuuronderzoek naar alternatieve geneeswijzen bij Sjögren. In PubMed resulteerde dat in 18 artikelen. Embase daarentegen kwam met 300 artikelen. Wat een enorm verschil. Blijkbaar is alternatieve geneeskunde bij PubMed nog niet zo geaccepteerd als bij Embase.

Overigens ook niet zo bij de Nederlandse professie, als je ziet wat de klant onlangs allemaal bij haar promoite over zich heen heeft gekregen (ik noem uit privacy overwegingen geen namen).

PubMed en phrases

Ik word niet goed van die frasen in PubMed.

Vanochtend wou ik zoeken op "use of health care". Nee hoor, dat kennen we niet meneer, u moet zich vergissen. En als ik het aan google vraag vindt ie er duizenden op de site van PubMed.

Vanmiddag zoek ik iets over MRI tussen de chemotherapie en operatie in, dus "after chemoradiation[tw]". Nee hoor, dat bestaat niet, we zoeken wel op after[all fields] en chemoradiation[tw]. En google? Die vindt er 700.

Waarom willen wij bepalen wat geldige frasen zijn? Maken ze het zichzelf zo niet extra moeilijk? Het is in elk geval erg frustrerend.

Google maakt onderscheid in leestekens

Ik zocht gisteren een pagina op mijn eigen site om een effect te bekijken. Ik kon de pagina niet vinden terwijl het woord er zeker in stond. Blijkt dat wanneer je toetsenbord op de verkeerde taal staat ingesteld dat invloed heeft op de zoekresultaten.

Ik zocht op foto`s station nunspeet, maar mijn pagina met foto's van station Nunspeet stond er niet tussen. Het bleek dat mijn toetsenbord op Dutch stond ingesteld. Even Ctrl-Shift zorgde dat ik in plaats van een accent aegu netjes een rechte quote kreeg en voila, met foto's station nunspeet kom ik er wel.

Vreemd!

PubMed straft kennis van MeSH terms af!

Voor de Automatic Term Mapping van PubMed is het in je nadeel wanneer je weet hoe de MeSH term luidt. Geef je niet de echte MeSH term in maar een synoniem, wordt namelijk automatisch gezocht op dat synoniem als vrije tekst, de MeSH term als MeSH en de MeSH term als vrije tekst. Je krijgt dan meer resultaten.

Erythrocytes	"erythrocytes"[MeSH Terms] OR "erythrocytes"[All Fields] OR "erythrocyte count"[MeSH Terms] OR ("erythrocyte"[All Fields] AND "count"[All Fields]) OR "erythrocyte count"[All Fields]	176779
Red Blood Cells	"erythrocytes"[MeSH Terms] OR "erythrocytes"[All Fields] OR ("red"[All Fields] AND "blood"[All Fields] AND "cells"[All Fields]) OR "red blood cells"[All Fields] OR "erythrocyte count"[MeSH Terms] OR ("erythrocyte"[All Fields] AND "count"[All Fields]) OR "erythrocyte count"[All Fields] OR ("red"[All Fields] AND "blood"[All Fields] AND "cells"[All Fields])	200052

Dus maak je gebruik van Autmatic Term Mapping kies dan niet voor de MeSH benaming van je term, maar kies juist voor het belangrijkste synoniem.

Toch... geen van de zoekopties met ATM vindt wat je vindt wanneer je zoekt met veldnamen op:

red blood cell*[tw] OR erythrocyt*[tw] OR erythrocytes[MeSH] (224684)