Editors refuse to link an original article to a reply

A few months ago I wrote a reply to an article that has been published in the Breast. The original authors performed a meta-analysis without a proper search (they only searched PubMed, with very limited keywords, and instead included articles that did not meat the inclusion criteria).

Our reply was published in print before the original article. However, the original article was published with no mention of our reply, nor did the authors respond to our findings.

What followed were numerous e-mails to the editors and journal managers of the journal, to this date with no effect. They keep saying they cannot add a link to our reply to the original article as it has already been published. However, our article was published in print half a year before the original, so they must have had enough time to sort this out.

Replies are always written after the publication of the original article, how else could on opinion be formed? The original article should always be linked to the known replies, and published replies should always be answered by the original authors.

Or am I wrong?

Ik ga spreken op een internationaal congres (#emtacl10)

In april 2010 mag ik een praatje houden op een internationaal congres van bibliotheektechnici. De emtacl10 is het congres voor EMerging Technologies in ACademic Libraries en wordt gehouden in Trondheim, Noorwegen.

Mijn bijdrage zal gaan over de recente toepassing die ik hier heb ontwikkeld om lijsten uit EndNote via XML uit te voeren naar onze website. Deze toepassing is nog volop in ontwikkeling, maar ik hoop in april meer resultaten te kunnen laten zien.

Eigen publicaties in PubMed zoeken veel te lastig

Door het ontbreken van een goede auteursindex is het zoeken naar eigen publicaties in PubMed veel lastiger dan in andere databases.

Een klant wilde de publicaties van haar afdeling zoeken. Ze zocht op de namen van wetenschappelijk medewerkers en author affiliatie erasmus. Ze vond bijna niets. Logisch, want MedLine bevat alleen de affiliaties van de eerste auteur.

Zoeken via Scopus maakt het veel gemakkelijker. Scopus dekt alle tijdschriften in Medline. Dat scopus niet zo ver terug gaat als PubMed is in dit geval niet relevant, omdat het over de publicaties van het afgelopen jaar gaat.

In Scopus kun je zoeken op auteur met de affiliatie van de betreffende auteur. De medewerker kan alle wetenschappers van haar afdeling in scopus opzoeken, hun author-ID noteren en deze combineren tot een zoekactie. Scopus exporteert zelfs de PubMed ID's. Helaas staan die alleen in de notes vermeld dus zijn die niet goed in EndNote in te lezen.

Wat EndNote voor ons zou kunnen doen is om het mogelijk te maken delen van velden te gebruiken. Ik zou de informatie achter pubmedid: in de notes bijvoorbeeld willen importeren in het veld accession number.

Publicaties gemakkelijker (relatief dan) op website

Een klant van de bibliotheek kwam met een vraag of we hem konden helpen publicaties gemakkelijker op onze website te plaatsen. Ik bedacht meteen een mogelijkheid. Die had echter nogal wat voeten in de aarde voor een en andere gerealiseerd is. De handleiding bedraagt meer dan 20 stappen:

In het kort gaat het erom de literatuurlijst in hubmed in te voeren, daar de PubMed ID's te verzamelen, daarmee naar PubMed te gaan een RSS te genereren en die in het CMS in te lezen.

Dit vereist echter nogal wat werk:

1. Referentielijst plakken in word
2. Zorgen dat elke referentie op een nieuwe regel staat
3. Er een genummerde lijst van maken
4. Als laatste een valse verwijzing opnemen in de juiste opmaak (bijvoorbeeld 'Gew AS, Rgf HB. Her kjhidfsdjh. Sadl. 2009; 1986(234)). Dit is nodig om te zorgen dat de tussenpagina waarin de PubMed ID's worden getoond niet wordt overgeslagen
5. De referentielijst kopiëren naar www.hubmed.org/citation.htm en op submit klikken.
6. Controleren of de lijst goed is verdeeld en zo niet corrigeren
7. Controleren of de gevraagde artikelen zijn gevonden en zo niet de gegevens handmatig knippen en plakken
8. Zijn er dan nog referenties niet gevonden in PubMed moeten de PubMed ID's nog handmatig worden opgezocht en in kladblok opgeslagen
9. De volgende pagina kopiëren naar kladblok en de tekst 'Aready found' verwijderen
10. De lijst met PubMed ID's kopiëren naar het detail veld van PubMed.
11. (mogelijk moet daarvoor eerst nog een andere zoekactie worden uitgevoerd, anders is het detail veld niet zichtbaar)
12. Een RSS feed creeëren met aantal items gelimit op 100
13. (als je in een pagina meer dan 100 items wilt opnemen moet je twee files maken en die handmatig samenvoegen)
14. Het RSS bestand opslaan op je PC.
    
    het meest ingewikkelde gedeelte komt dan voor rekening van ons CMS Morello.
    
15. Een nieuw content item aanmaken van het type taxonomy en upload daarin het XML document
16. Dit item in een browser bekijken, en de interne servernaam vervangen door www.erasmusmc.nl en de url kopiëren
17. De code voor het XSLT document die je van de bibliotheek hebt gekregen kopiëren en in een kladblok bestand plakken
18. Een nieuw item aan van het type XSLT(nl) aanmaken en daar het zojuist aangemaakte XSLT bestand uploaden, en hetzelfde doen voor XSLT(en)
19. Een nieuw item aan van het type XML aanmaken en verwijzen naar de URL van het taxonomy item
20. De XSLT(nl) en XSLT(en) items aan het XML item koppelen en publiceren

We hebben gemeend dit toch maar iets te moeten vereenvoudigen door de eerste keer bij de klant zelf de bestanden klaar te zetten en het een keer voor te doen. Het blijft ingewikkeld, maar het is nog steeds minder tijdrovend dan alle publicaties handmatig in PubMed opzoeken en de lijst handmatig sorteren op alfabet en de pagina samenstellen met de juiste links (die in ons systeem niet zomaar in de tekst mogen worden geplaatst maar natuurlijk in een database worden opgeslagen).

Kenniskaarten centraal vullen

Een database van kenniskaarten moet 70% gevuld zijn voor hij openbaar wordt. Maar hoe krijg je hem gevuld, dat is de vraag. Boyd Hendriks gaf op de BMI kennismanagementdag daarvoor geen aanwijzingen. Je kunt mensen niet dwingen iets in te voeren in een systeem dat ze nog niet gebruiken. Ze zien daarvan niet de voordelen, en worden niet getriggerd. Ik doe een voorzet voor een aantal manieren waarop je een kennisbank van tevoren kunt vullen.

1. Gebruik aandachtsgebieden uit je attendering
Kennis is ongeveer gelijk aan aandachtsgebieden. Ga, als je dat nog niet doet, eindgebruikers attenderen. Gebruik daar het liefst aandachtsgebieden voor uit een taxonomie die jij zelf hebt aangemaakt (of aangeschaft). De onderwerpen die ze daarin selecteren komen overeen met de kennis die ze nu bezitten, ze willen die kennis immers vergroten.

2. Gebruik inhoudelijke gegevens uit eigen publicaties
Iedere zichzelf respecterende organisatie houdt een overzicht bij van publicaties die door de organisatie zijn geschreven. Download deze gegevens uit een Database waarin trefwoorden zijn toegekend. Koppel vervolgens de trefwoorden van de publicaties aan de interne auteurs die de betreffende publicatie hebben geschreven.

3. Gebruik trefwoorden uit incidentele zoekacties
Iedere keer dat een gebruiker bij jou komt om een zoekactie uit te laten voeren is de gelegenheid om de gebruiker te vragen of je deze gegevens mag gebruiken voor de kennisbank.

4. Gebruik trefwoorden per afdeling
Een minder fraaie variant is het invoeren van trefwoorden per afdeling voor individuele medewerkers van die afdeling. De kennisverdeling is dan veel groffer, mensen krijgen minder specifieke trefwoorden toebedeeld, maar wellicht zullen ze het systeem gaan verbeteren.