Constanly changing interfaces

I don't do blog posts often but i definitely feel the need to write this down.

Why do search interfaces change all the time, and so all of a sudden. People get used to working in a certain way, manuals are adapted to that, with convenient screen shots, sometimes even journal articles are written explaining steps to take (I am currently in the process of writing several). And then all of a sudden a database provider changes the interface of their database completely.

Today embase.com changed the interface of their thesaurus, emtree. I must say I am a big fan of embase.com, I could not do my job the way I do it without them, and their up until now great interface and relevance ranking.

An important part of my method, which is the topic of my upcoming thesis is collecting thesaurus terms and synonyms from the databases into a word document. Now in the first version of emtree that was there when I developed my method we could easily copy emtree terms. A few months ago they made some change, which make it much harder to copy terms, but I guess we could live with it, if that is what their users want.

Now today they really messed up. Terms can almost only be combined using the interface, synonyms are much harder to find (requiring many extra clicks), and worst of all emtree terms can only be searched using the exact given synonyms in the database. Searching for a part of the term that is not the beginning of the term does not retrieve that term (such as effectiveness does not retrieve clinical effectiveness, program effectiveness like it used to.

I can live with changes in databases if they change for the better, but this is making life much more complicated! Embase is in my opinion not a tool that is used a lot by end users answering clinical question, they use PubMed, no matter what embase does. Embase is used by information specialists in writing systematic reviews, and by medical docters who are more advanced searchers (have done a workshop on using embase).

I am thinking of switching to Ovid (never thought that would happen!)

Editors refuse to link an original article to a reply

A few months ago I wrote a reply to an article that has been published in the Breast. The original authors performed a meta-analysis without a proper search (they only searched PubMed, with very limited keywords, and instead included articles that did not meat the inclusion criteria).

Our reply was published in print before the original article. However, the original article was published with no mention of our reply, nor did the authors respond to our findings.

What followed were numerous e-mails to the editors and journal managers of the journal, to this date with no effect. They keep saying they cannot add a link to our reply to the original article as it has already been published. However, our article was published in print half a year before the original, so they must have had enough time to sort this out.

Replies are always written after the publication of the original article, how else could on opinion be formed? The original article should always be linked to the known replies, and published replies should always be answered by the original authors.

Or am I wrong?

Peer review by BMC gone really bad!

A recent article by Jean-Francois Gehanno et al in BMC Medical Informatics and Decision Making already gained a lot of attention, and may I say not in a positive way. The authors found all references from published systematic reviews in Google Scholar, and therefor concluded that 'if the authors of the 29 systematic reviews had used only GS, no reference would have been missed'.

When I investigated this deeper I ran across the peer reviewers' comments, and found out that they were not all that enthousiast either.

The peer review process

I wanted to write a comment to the journal, but other comments had already been sent with equal contents, so I did not do that. But when I investigated the proces a bit more I came across some interesting points in the peer review process.

On the BMC website you can review the prepublication history of this article. One of the reviewers (Miguel García-Pérez) concludes that 'No revision (major, minor, or discretionary) will save this work'. Reviewer number 2 (Henrik von Wehrden) only comments: 'Great job on that short yet highly interesting manuscript'. Of course the authors agree with reviewer von Wehrden and only apply those minor changes that he deems necessary.

The different opinions of the reviewers can be traced back to their background. MA Garcia-Perez has written 8 reviews according to Pubmed, H von Wehrden 0. If you are not experienced in writing systematic reviews how can you have an informed opinion on this topic.

Now what would you expect an editor of the journal to do? If two reviewers so strongly disagree you need to have a third independent opinion. The editors decide to publish this article without further reviewing.

What would a per reviewer with lots of Systematic Review experience be able to tell the editors?

• When searching Google scholar your search is limited to 256 characters. Most searches for systematic reviews are very long and complex and do not fit
• Because you cannot truncate, nor use a controlled vocabulary using google scholar you would need much more word variants than in a regular database, thus exceeding the 256 limits far more easy
• You can only view the first 1000 hits, based on the relevance ranking of scholar
• You cannot export your complete resultset, but only per record.
• You cannot replicate your search, another reviewer might find completely other results
• You cannot be sure what the contents at the search date were because you cannot limit your google scholar search to a certain date.
• etc etc etc

So there's no discussion this paper is not very useful and helpful. In stead: if managers of large academic hospitals read this they might be tempted to drop all budget for expensive search engines, because everyone can find everything in google. Or reviewers might be tempted to only use google scholar for their searches, because eveything is in there.

That would be the only way to test if google scholar can replace all other databases: by performing two systematic reviews at the same time on the same topic: one using all databases that are regularly used, and one using google scholar, and then compare the quality.

So in stead of using only google scholar, we information specialist stick to our primary databases: PubMed, embase, cochrane etc. Only those can give a complete and systematic overview of the literature on a certain topic.

web&z - 12 juni 2012 - Medisch Centrum Alkmaar

(aantekeningen zijn meteen op eigen situatie toegepast)

Marjan Bakker - MCL
bibliotheek in foreest medical school, grotere afstand minder toegankelijk voor de clinici. ook iets om rekening mee te houden in rotterdam.

Alice Lugthart - docent verpleegkunde
geeft workshops aan vakdocenten.
boekje : Karin de Galan: 'van deskundige naar trainer'
deskundige wil in zijn rol als trainer vaak heel veel vertellen, alles wat in je rugzak zit, en toehoorders haken af, omdat het hun boven de pet gaat.
confronteren met moeilijke situatie: wetenschapper denkt: ik kan al zoeken, dus ben niet geinteresseerd. verleiden om te willen leren.
voor ons: begeleiden bij opdrachten: ter plekke zoeken in databases terwijl informatiespecialisten erbij rondlopen en vragen beantwoorden. 
op een andere manier lesgeven levert veel meer betrokkenheid op bij de lessen. groepsgrootte max 15 man, gemiddeld zo'n 10 personen. verpleegkundigen laten zoeken met pubmed blijft lastig. zijn huiverig om engels te lezen, google is veel makkelijker.
Idee: in de uitnodigingen al aangeven wat de 'glijbaan' is (mensen meenemen en uitleggen waarom voor hen deze cursus interessant is). ook differentieren tussen de verschillende doelgroepen.

Bianca Kramer - zoekactie CATs
Zoekvraag: 'Wat zijn de belangrijkste risicofactoren voor het optreden van complicaties bij zwangeren met pre-eclampsie?'
Bianca krijgt veel prognostische vragen. veel voor syst revs. zijn die clinical queries in pubmed bruikbaar? met een therapeutische pico neem je nooit de O mee, dat geeft bias.
Doen: maak overzicht wanneer gebruik je welke onderdelen. PO met M etc?

Olga van Dijk - ELO PubMed
ELO's bieden mogelijkheden om in eigen leerstijl te werken. eerst theorie of direct aan de slag met opdrachten. systeem: PulseWeb. bedoeld voor co-assistenten: waar vind ik mesh, hoe zoeken in title abstract, (co's komen vooral uit Groningen, hoe wordt daar het onderwijs gegeven? kan ook zijn dat groningen alleen op OvidSP Medline gericht is)
Kunnen wij de ELO niet opnemen in onze basis cursussen, zodat iedereen hetzelfde instap niveau heeft op dat vlak? 
MCL werkt op die manier, iedereen die een cursus doet moet deze ELO hebben doorlopen. moet je het wel opnemen in je eigen pulseweb systeem, of uitwisselen van scorm bestanden.
Nadenken voor ons: is dan hebben PhD's die dat dan volgen niet het idee dat ze nu al alles weten over PubMed? en komen ze dan nog wel naar de echte cursus? 
Belangrijke vraag is: kun je het ook sneller doorlopen als je al veel kennis hebt, kun je meteen de toets doen om te kijken wat je niveau is, en krijg je dan heel gericht tips: volg dit nog een keer. Dat lijkt mij een belangrijk punt voor inbedding in Erasmus MC werkwijze.
screencast filmpjes gemaakt. voor ons ook een idee!
Op medischonderwijs.nl PubMed-toets van waleus.

René Otten - CAT richtlijnen

CCMS voorschriften. Bij VU gebruikelijk om iedereen die een CAT doet bij een clinical librarian langskomt. CCMS (10 specialisten) gaat kader aangeven voor CATs, maar daarbij is geen clinical librarian bij betrokken. We gaan een A4tje doorgeven aan die 10 specialisten (met toestemming van de cambin)

Hans Ket - Artikel Hoogendam
JMLA (PMC tijdschrift)
Alice Tillema heeft er aan meegewerkt en staat in de acknowledgements. maar slechts zeer beperkt, ze was niet betrokken bij de PubMed of PICO instructies.
vergelijking tusseen een PICO zoekactie en een ongeorganiseerde zoekactie zoals artsen die niet door ons zijn opgeleid doen. conclusies lijken te zeggen dat het niet uitmaakt of je pico doet of niet.
verkeerde conclusies: je moet pico niet je zoektermen laten bepalen, dat weten wij al lang. veel kritiek op te leveren.
recall en precision ook opnemen in je systematische zoekactie cursussen. recall is het percentage van de gouden standaard, dat je hebt gevonden. precision is verhouding tussen het aantal treffers en het aantal relevante treffers. 
evidence based searching. hans wil daar een artikel over schrijven. wat is goed zoeken, hoeveel tijd, hoeveel bronnen, welke zoektechnieken.

René Otten - review cursus wiki
in het verleden was er een wiki afgeschermd. nu gratis toegankelijk op webcursus.ubvu.nl (nog niet, komt). helemaal engelstalig.
idee: kan wos of scopus niet bekijken hoeveel artikelen uit een set een bepaald artikel selecteren, en daarop soreteren

Jacueline Limpens - Filters voor SR's
elke database heeft zijn eigen index termen, pubmed filters niet een op een naar embase verplaatsen
drie generaties filters:
1 subjectief bepaald door informatiespecialist of onderzoeker
2 getest op een set
3 een bepaalde set artikelen analyseren welke termen het meest discriminerend zijn, en deze ook weer testen op een ander gouden standaard
Jenkins, 2004
het is niet zozeer dat de 3e generatie beter is dan de 1e. want voor voor systematic reviews wil je sensitivity maximisers (alle relevante liteartuur). voor CATs juist precision maximisers: NNR (Number Needed to Read) verminderen
Cochrane RCT filters geven wel veel ruis, vroeger veel gebruikt, nu niet meer zo. Zijn in principe vooral subjectief gevonden, en werkte eigenlijk wel goed, pas later gevalideerd
hoe valideren: 160 journals voor het jaar 2000 handmatig doorgenomen. en vergelijken
objectieve filters houden vaak geen rekening met explosie en zinnen, maar enkele woorden
validatie is geen toverwoord, gevalideerd wil niet zeggen dat je het niet moet aanpassen.
het maakt uit waar je het op test en hoe je het vergelijkt. bekijk ook het doel van de filters. verandert ook in de tijd, want mesh termen veranderen.
 in pubmed nu ook trial registrernumber opgenomen. als je trials zoekt ook dat meenemen, als iets een registratienummer heeft is het een trial.

als je zoekt voor een SR, gebruik je dan een filter, en zo ja welk?
NOT mag je wel gebruiken, maar je moet het kunnen verantwoorden.
Ook cochrane searches bevatten soms heel slechte zoekacties.
acknowledgements of co-auteur: wanneer zoekacties langer duren dan 2-3 dagen. een middag of dag is gratis service, als je er veel aan bijdraagt ben je mede-auteur (dan schrijf je ook de materialen en methoden)

eerst filter voor SR's om te kijken wat anderen daar al voor hebben gedaan, daarna filter voor individuele trials HSSS van cochrane, maar soms ook andere typen vraag bij SR filter, wil ik alleen SR's vinden, of alle geaggregeerde evidence?
SIGN filter
probleem is dat een bepaald aspect vaak niet in het abstract wordt opgenomen. maar wel uitkomst is bij een RCT. daarom dan dat element achterwege laten en dan RCT's filteren.

aantal hits
wees niet bang voor 1000-5000 hits.
tip: zeg 1000 titels screen je tijdens ajax feyenoord, maar 1000 records minder geven kost ons een dag extra tijd.
zoekfilters staan op intertasc
Binnen AMC zoekacties zijn zoekacties verzameld op het intranet en wanneer je op de link klinkt kom je meteen op de pubmed zoekactie
goede intake met de aanvrager is waardevol, is het een prognistische vraag of een therapeutische vraag of harm etc...

voor aanvullingen naast MedLine uit PubMed gebruik je beter AND publisher[sb] in plaats van NOT medline[sb], want anders teveel ruis met oude artikelen

--mededelingen--
cursus didactische vaardigheden aan de VU komend najaar.

Zoeken in OvidSP met .mp. is niet gelijk aan [tw] in PubMed

Mijn collega's werkten altijd met PubMed. Ik ben me daar de laatste tijd zo aan gaan ergeren dat ik de stap heb gemaakt naar Medline via OvidSP. Ik mis daar echter een goed veld voor mijn veel gebruikte [tw]. Ik geen daar de voorkeur aan boven [mesh] en [tiab] omdat het vaak korter is en niet veel ruis oplevert.

Een verschil tussen .mp. en [tw] in PubMed is dat in .mp. geen subheadings zijn meegenomen, terwijl dat in [tw] wel het geval is.

ik vergelijk nu deze (vlug samengestelde, dus niet te nauw bekijken) zoekacties met elkaar:

Medline Ovidsp 66
(((("Human papilloma" or wart* or condyloma* or verruca*) adj3 (virus* or viral)) or HPV* or "Human papillomavir*" OR Alphapapillomavir*) and Protein* and Immunogen* and (synthes* or design*)).mp.

PubMed 75
(Human papilloma vir*[tw] OR wart vir*[tw] OR condyloma vir*[tw] OR verruca vir*[tw] OR verruca vulgaris vir*[tw] OR Human papillomavir*[tw] OR Alphapapillomavir*[tw]) AND (Protein[tw] OR Proteins[tw]) AND Immunogen*[tw] AND (synthes*[tw] or design*[tw])

Deze artikelen ontbreken dan in de ovid resultaten:
("10630789" or "12700045" or "19407149" or "1719234" or "9191325" or "22027487" or "8077947" or "18853768" or "8627247").an.

Deze zitten echter wel in Ovid. Maar daar zie ik dat zij chemical synthesis als subheading hebben.

Als ik dan ga zoeken op .mp,fs. levert dat geen extra hits op. Er is geen veld voor woorden uit de subheadings of wel?

Zoek ik echter  op
(((("Human papilloma" or wart* or condyloma* or verruca*) adj3 (virus* or viral)) or HPV* or "Human papillomavir*" OR Alphapapillomavir*) and Protein* and Immunogen* and (chemical synthesis OR synthes* or design*)).mp,fs.

Dan levert dat 77 hits op, waaronder bijna alles van  die ontbrekende artikelen, behalve een artikel dat nog geen mesh terms heeft in ovid en wel in pubmed (dus verklaarbaar).

Toch is het vreemd dat je een constructie moet maken als chemical synthesis OR synthes*. Omdat het woorde synthes* helemaal in chemical synthesis zit zou je dat zo toch moeten kunnen vinden?

Hoe te zoeken in PubMed: [tw] of [tiab] en [MeSH]

In reactie op mijn vorige bericht waarin ik aangeef [tw] te gebruiken kwam een vraag waarom ik liever [tw] gebruik dan [tiab] en [mesh]. Hier zal ik dat uitleggen.

Hoewel je ook een hele discussie kunt houden over het zoeken met veldnamen of het gebruik van Automatic Term Mapping zijn we het er allemaal waarschijnlijk wel over eens dat je PubMed alleen systematisch kunt doorzoeken wanneer je gebruik maakt van veldnamen (als mensen het daarop met mij onseens zijn, graag reactie, dan wijd ik daar ook nog een keer een blog aan).

Zoeken op het veld [tw] doorzoekt 3 velden: title, abstract en mesh terms. Bij Mesh wel de aantekening dat alleen op platte tekst wordt gezocht en niet op explode.

Als je dus geen gebruik wilt maken van de explode functie van [mh] levert zoeken op [mh] niet meer (relevante) hits op dan zoeken op [tw]. een keer je zoekwoord met [tw] erachter is korter, dus verdient mijn voorkeur, waarom een lange zoekregel als het kort kan.

Bijvoorbeeld wanneer je zoekt op dupuytren*[tw] vind je alles wat je vindt in (dupuytren contracture[mh] OR dupuytren*[tiab]). Bovendien vind je ook nog hits met personal names as subject Dupuytren G.
(Merk op dat je met Dupuytren* zonder veldnamen erg veel ruis krijgt, omdat je dan alle publicaties van het Dupuytren ziekenhuis in Limoges vindt).

Een zoekactie als child[tw] is weer minder mooi, want dan krijg je ook bijvoorbeeld parent-child relations[mh], en wie misschien is dat niet relevant voor je vraag. Dan kun je beter zoeken op de specifieke [mh] die wel relevant is in combinatie met [tiab].

Ook wanneer je een brede mesh term zoekt, zoals bijvoorbeeld dementia, kun je beter wel exploden, maar het hoeft niet altijd. Kijk bijvoorbeeld eens naar infusion*[tw]. Alle termen onder parenteral infusions bevatten het woord infusion, dus hoef je niet te exploden (behalve dan hypodermoclysis, wil je dat meenemen of niet).

Pharmaceutical actions niet gevonden in text word search in PubMed

Vreemd, als ik zoek op [tw] in PubMed, de manier waarop ik dat meestal doe (tenzij je gebruik wilt maken van de explode van [mh] of het gezocht woord in veel niet-relevante MeSH termen voorkomt, maar daar kan ik nog wel een hele blogpost aan wijden) vind ik niet de artikelen waar dat woord als [Pharmaceutical Action] staat.

Dat zou toch eigenlijk wel moeten, textword wil eigenlijk toch vooral zeggen dat het om een inhoudelijk veld gaat (in tegenstelling tot [all fields]).