Editors refuse to link an original article to a reply

A few months ago I wrote a reply to an article that has been published in the Breast. The original authors performed a meta-analysis without a proper search (they only searched PubMed, with very limited keywords, and instead included articles that did not meat the inclusion criteria).

Our reply was published in print before the original article. However, the original article was published with no mention of our reply, nor did the authors respond to our findings.

What followed were numerous e-mails to the editors and journal managers of the journal, to this date with no effect. They keep saying they cannot add a link to our reply to the original article as it has already been published. However, our article was published in print half a year before the original, so they must have had enough time to sort this out.

Replies are always written after the publication of the original article, how else could on opinion be formed? The original article should always be linked to the known replies, and published replies should always be answered by the original authors.

Or am I wrong?

Peer review by BMC gone really bad!

A recent article by Jean-Francois Gehanno et al in BMC Medical Informatics and Decision Making already gained a lot of attention, and may I say not in a positive way. The authors found all references from published systematic reviews in Google Scholar, and therefor concluded that 'if the authors of the 29 systematic reviews had used only GS, no reference would have been missed'.

When I investigated this deeper I ran across the peer reviewers' comments, and found out that they were not all that enthousiast either.

The peer review process

I wanted to write a comment to the journal, but other comments had already been sent with equal contents, so I did not do that. But when I investigated the proces a bit more I came across some interesting points in the peer review process.

On the BMC website you can review the prepublication history of this article. One of the reviewers (Miguel García-Pérez) concludes that 'No revision (major, minor, or discretionary) will save this work'. Reviewer number 2 (Henrik von Wehrden) only comments: 'Great job on that short yet highly interesting manuscript'. Of course the authors agree with reviewer von Wehrden and only apply those minor changes that he deems necessary.

The different opinions of the reviewers can be traced back to their background. MA Garcia-Perez has written 8 reviews according to Pubmed, H von Wehrden 0. If you are not experienced in writing systematic reviews how can you have an informed opinion on this topic.

Now what would you expect an editor of the journal to do? If two reviewers so strongly disagree you need to have a third independent opinion. The editors decide to publish this article without further reviewing.

What would a per reviewer with lots of Systematic Review experience be able to tell the editors?

• When searching Google scholar your search is limited to 256 characters. Most searches for systematic reviews are very long and complex and do not fit
• Because you cannot truncate, nor use a controlled vocabulary using google scholar you would need much more word variants than in a regular database, thus exceeding the 256 limits far more easy
• You can only view the first 1000 hits, based on the relevance ranking of scholar
• You cannot export your complete resultset, but only per record.
• You cannot replicate your search, another reviewer might find completely other results
• You cannot be sure what the contents at the search date were because you cannot limit your google scholar search to a certain date.
• etc etc etc

So there's no discussion this paper is not very useful and helpful. In stead: if managers of large academic hospitals read this they might be tempted to drop all budget for expensive search engines, because everyone can find everything in google. Or reviewers might be tempted to only use google scholar for their searches, because eveything is in there.

That would be the only way to test if google scholar can replace all other databases: by performing two systematic reviews at the same time on the same topic: one using all databases that are regularly used, and one using google scholar, and then compare the quality.

So in stead of using only google scholar, we information specialist stick to our primary databases: PubMed, embase, cochrane etc. Only those can give a complete and systematic overview of the literature on a certain topic.

web&z - 12 juni 2012 - Medisch Centrum Alkmaar

(aantekeningen zijn meteen op eigen situatie toegepast)

Marjan Bakker - MCL
bibliotheek in foreest medical school, grotere afstand minder toegankelijk voor de clinici. ook iets om rekening mee te houden in rotterdam.

Alice Lugthart - docent verpleegkunde
geeft workshops aan vakdocenten.
boekje : Karin de Galan: 'van deskundige naar trainer'
deskundige wil in zijn rol als trainer vaak heel veel vertellen, alles wat in je rugzak zit, en toehoorders haken af, omdat het hun boven de pet gaat.
confronteren met moeilijke situatie: wetenschapper denkt: ik kan al zoeken, dus ben niet geinteresseerd. verleiden om te willen leren.
voor ons: begeleiden bij opdrachten: ter plekke zoeken in databases terwijl informatiespecialisten erbij rondlopen en vragen beantwoorden. 
op een andere manier lesgeven levert veel meer betrokkenheid op bij de lessen. groepsgrootte max 15 man, gemiddeld zo'n 10 personen. verpleegkundigen laten zoeken met pubmed blijft lastig. zijn huiverig om engels te lezen, google is veel makkelijker.
Idee: in de uitnodigingen al aangeven wat de 'glijbaan' is (mensen meenemen en uitleggen waarom voor hen deze cursus interessant is). ook differentieren tussen de verschillende doelgroepen.

Bianca Kramer - zoekactie CATs
Zoekvraag: 'Wat zijn de belangrijkste risicofactoren voor het optreden van complicaties bij zwangeren met pre-eclampsie?'
Bianca krijgt veel prognostische vragen. veel voor syst revs. zijn die clinical queries in pubmed bruikbaar? met een therapeutische pico neem je nooit de O mee, dat geeft bias.
Doen: maak overzicht wanneer gebruik je welke onderdelen. PO met M etc?

Olga van Dijk - ELO PubMed
ELO's bieden mogelijkheden om in eigen leerstijl te werken. eerst theorie of direct aan de slag met opdrachten. systeem: PulseWeb. bedoeld voor co-assistenten: waar vind ik mesh, hoe zoeken in title abstract, (co's komen vooral uit Groningen, hoe wordt daar het onderwijs gegeven? kan ook zijn dat groningen alleen op OvidSP Medline gericht is)
Kunnen wij de ELO niet opnemen in onze basis cursussen, zodat iedereen hetzelfde instap niveau heeft op dat vlak? 
MCL werkt op die manier, iedereen die een cursus doet moet deze ELO hebben doorlopen. moet je het wel opnemen in je eigen pulseweb systeem, of uitwisselen van scorm bestanden.
Nadenken voor ons: is dan hebben PhD's die dat dan volgen niet het idee dat ze nu al alles weten over PubMed? en komen ze dan nog wel naar de echte cursus? 
Belangrijke vraag is: kun je het ook sneller doorlopen als je al veel kennis hebt, kun je meteen de toets doen om te kijken wat je niveau is, en krijg je dan heel gericht tips: volg dit nog een keer. Dat lijkt mij een belangrijk punt voor inbedding in Erasmus MC werkwijze.
screencast filmpjes gemaakt. voor ons ook een idee!
Op medischonderwijs.nl PubMed-toets van waleus.

René Otten - CAT richtlijnen

CCMS voorschriften. Bij VU gebruikelijk om iedereen die een CAT doet bij een clinical librarian langskomt. CCMS (10 specialisten) gaat kader aangeven voor CATs, maar daarbij is geen clinical librarian bij betrokken. We gaan een A4tje doorgeven aan die 10 specialisten (met toestemming van de cambin)

Hans Ket - Artikel Hoogendam
JMLA (PMC tijdschrift)
Alice Tillema heeft er aan meegewerkt en staat in de acknowledgements. maar slechts zeer beperkt, ze was niet betrokken bij de PubMed of PICO instructies.
vergelijking tusseen een PICO zoekactie en een ongeorganiseerde zoekactie zoals artsen die niet door ons zijn opgeleid doen. conclusies lijken te zeggen dat het niet uitmaakt of je pico doet of niet.
verkeerde conclusies: je moet pico niet je zoektermen laten bepalen, dat weten wij al lang. veel kritiek op te leveren.
recall en precision ook opnemen in je systematische zoekactie cursussen. recall is het percentage van de gouden standaard, dat je hebt gevonden. precision is verhouding tussen het aantal treffers en het aantal relevante treffers. 
evidence based searching. hans wil daar een artikel over schrijven. wat is goed zoeken, hoeveel tijd, hoeveel bronnen, welke zoektechnieken.

René Otten - review cursus wiki
in het verleden was er een wiki afgeschermd. nu gratis toegankelijk op webcursus.ubvu.nl (nog niet, komt). helemaal engelstalig.
idee: kan wos of scopus niet bekijken hoeveel artikelen uit een set een bepaald artikel selecteren, en daarop soreteren

Jacueline Limpens - Filters voor SR's
elke database heeft zijn eigen index termen, pubmed filters niet een op een naar embase verplaatsen
drie generaties filters:
1 subjectief bepaald door informatiespecialist of onderzoeker
2 getest op een set
3 een bepaalde set artikelen analyseren welke termen het meest discriminerend zijn, en deze ook weer testen op een ander gouden standaard
Jenkins, 2004
het is niet zozeer dat de 3e generatie beter is dan de 1e. want voor voor systematic reviews wil je sensitivity maximisers (alle relevante liteartuur). voor CATs juist precision maximisers: NNR (Number Needed to Read) verminderen
Cochrane RCT filters geven wel veel ruis, vroeger veel gebruikt, nu niet meer zo. Zijn in principe vooral subjectief gevonden, en werkte eigenlijk wel goed, pas later gevalideerd
hoe valideren: 160 journals voor het jaar 2000 handmatig doorgenomen. en vergelijken
objectieve filters houden vaak geen rekening met explosie en zinnen, maar enkele woorden
validatie is geen toverwoord, gevalideerd wil niet zeggen dat je het niet moet aanpassen.
het maakt uit waar je het op test en hoe je het vergelijkt. bekijk ook het doel van de filters. verandert ook in de tijd, want mesh termen veranderen.
 in pubmed nu ook trial registrernumber opgenomen. als je trials zoekt ook dat meenemen, als iets een registratienummer heeft is het een trial.

als je zoekt voor een SR, gebruik je dan een filter, en zo ja welk?
NOT mag je wel gebruiken, maar je moet het kunnen verantwoorden.
Ook cochrane searches bevatten soms heel slechte zoekacties.
acknowledgements of co-auteur: wanneer zoekacties langer duren dan 2-3 dagen. een middag of dag is gratis service, als je er veel aan bijdraagt ben je mede-auteur (dan schrijf je ook de materialen en methoden)

eerst filter voor SR's om te kijken wat anderen daar al voor hebben gedaan, daarna filter voor individuele trials HSSS van cochrane, maar soms ook andere typen vraag bij SR filter, wil ik alleen SR's vinden, of alle geaggregeerde evidence?
SIGN filter
probleem is dat een bepaald aspect vaak niet in het abstract wordt opgenomen. maar wel uitkomst is bij een RCT. daarom dan dat element achterwege laten en dan RCT's filteren.

aantal hits
wees niet bang voor 1000-5000 hits.
tip: zeg 1000 titels screen je tijdens ajax feyenoord, maar 1000 records minder geven kost ons een dag extra tijd.
zoekfilters staan op intertasc
Binnen AMC zoekacties zijn zoekacties verzameld op het intranet en wanneer je op de link klinkt kom je meteen op de pubmed zoekactie
goede intake met de aanvrager is waardevol, is het een prognistische vraag of een therapeutische vraag of harm etc...

voor aanvullingen naast MedLine uit PubMed gebruik je beter AND publisher[sb] in plaats van NOT medline[sb], want anders teveel ruis met oude artikelen

--mededelingen--
cursus didactische vaardigheden aan de VU komend najaar.

Zoeken in OvidSP met .mp. is niet gelijk aan [tw] in PubMed

Mijn collega's werkten altijd met PubMed. Ik ben me daar de laatste tijd zo aan gaan ergeren dat ik de stap heb gemaakt naar Medline via OvidSP. Ik mis daar echter een goed veld voor mijn veel gebruikte [tw]. Ik geen daar de voorkeur aan boven [mesh] en [tiab] omdat het vaak korter is en niet veel ruis oplevert.

Een verschil tussen .mp. en [tw] in PubMed is dat in .mp. geen subheadings zijn meegenomen, terwijl dat in [tw] wel het geval is.

ik vergelijk nu deze (vlug samengestelde, dus niet te nauw bekijken) zoekacties met elkaar:

Medline Ovidsp 66
(((("Human papilloma" or wart* or condyloma* or verruca*) adj3 (virus* or viral)) or HPV* or "Human papillomavir*" OR Alphapapillomavir*) and Protein* and Immunogen* and (synthes* or design*)).mp.

PubMed 75
(Human papilloma vir*[tw] OR wart vir*[tw] OR condyloma vir*[tw] OR verruca vir*[tw] OR verruca vulgaris vir*[tw] OR Human papillomavir*[tw] OR Alphapapillomavir*[tw]) AND (Protein[tw] OR Proteins[tw]) AND Immunogen*[tw] AND (synthes*[tw] or design*[tw])

Deze artikelen ontbreken dan in de ovid resultaten:
("10630789" or "12700045" or "19407149" or "1719234" or "9191325" or "22027487" or "8077947" or "18853768" or "8627247").an.

Deze zitten echter wel in Ovid. Maar daar zie ik dat zij chemical synthesis als subheading hebben.

Als ik dan ga zoeken op .mp,fs. levert dat geen extra hits op. Er is geen veld voor woorden uit de subheadings of wel?

Zoek ik echter  op
(((("Human papilloma" or wart* or condyloma* or verruca*) adj3 (virus* or viral)) or HPV* or "Human papillomavir*" OR Alphapapillomavir*) and Protein* and Immunogen* and (chemical synthesis OR synthes* or design*)).mp,fs.

Dan levert dat 77 hits op, waaronder bijna alles van  die ontbrekende artikelen, behalve een artikel dat nog geen mesh terms heeft in ovid en wel in pubmed (dus verklaarbaar).

Toch is het vreemd dat je een constructie moet maken als chemical synthesis OR synthes*. Omdat het woorde synthes* helemaal in chemical synthesis zit zou je dat zo toch moeten kunnen vinden?

Hoe te zoeken in PubMed: [tw] of [tiab] en [MeSH]

In reactie op mijn vorige bericht waarin ik aangeef [tw] te gebruiken kwam een vraag waarom ik liever [tw] gebruik dan [tiab] en [mesh]. Hier zal ik dat uitleggen.

Hoewel je ook een hele discussie kunt houden over het zoeken met veldnamen of het gebruik van Automatic Term Mapping zijn we het er allemaal waarschijnlijk wel over eens dat je PubMed alleen systematisch kunt doorzoeken wanneer je gebruik maakt van veldnamen (als mensen het daarop met mij onseens zijn, graag reactie, dan wijd ik daar ook nog een keer een blog aan).

Zoeken op het veld [tw] doorzoekt 3 velden: title, abstract en mesh terms. Bij Mesh wel de aantekening dat alleen op platte tekst wordt gezocht en niet op explode.

Als je dus geen gebruik wilt maken van de explode functie van [mh] levert zoeken op [mh] niet meer (relevante) hits op dan zoeken op [tw]. een keer je zoekwoord met [tw] erachter is korter, dus verdient mijn voorkeur, waarom een lange zoekregel als het kort kan.

Bijvoorbeeld wanneer je zoekt op dupuytren*[tw] vind je alles wat je vindt in (dupuytren contracture[mh] OR dupuytren*[tiab]). Bovendien vind je ook nog hits met personal names as subject Dupuytren G.
(Merk op dat je met Dupuytren* zonder veldnamen erg veel ruis krijgt, omdat je dan alle publicaties van het Dupuytren ziekenhuis in Limoges vindt).

Een zoekactie als child[tw] is weer minder mooi, want dan krijg je ook bijvoorbeeld parent-child relations[mh], en wie misschien is dat niet relevant voor je vraag. Dan kun je beter zoeken op de specifieke [mh] die wel relevant is in combinatie met [tiab].

Ook wanneer je een brede mesh term zoekt, zoals bijvoorbeeld dementia, kun je beter wel exploden, maar het hoeft niet altijd. Kijk bijvoorbeeld eens naar infusion*[tw]. Alle termen onder parenteral infusions bevatten het woord infusion, dus hoef je niet te exploden (behalve dan hypodermoclysis, wil je dat meenemen of niet).

Pharmaceutical actions niet gevonden in text word search in PubMed

Vreemd, als ik zoek op [tw] in PubMed, de manier waarop ik dat meestal doe (tenzij je gebruik wilt maken van de explode van [mh] of het gezocht woord in veel niet-relevante MeSH termen voorkomt, maar daar kan ik nog wel een hele blogpost aan wijden) vind ik niet de artikelen waar dat woord als [Pharmaceutical Action] staat.

Dat zou toch eigenlijk wel moeten, textword wil eigenlijk toch vooral zeggen dat het om een inhoudelijk veld gaat (in tegenstelling tot [all fields]).

Literatuurzoeken: het probleem van afkortingen

Ik deed onlangs een zoekactie naar sentinel (lymph) node. Omdat ik ervan uitga dat een afkorting nooit gebruikt mag worden wanneer je niet eerst de volledige term hebt uitgeschreven volstond

sentin* NEAR/3 node*

Echter omdat ik zo weinig hits kreeg (met twee andere elementen erbij slecht 12 in PubMed) ging ik wat verder puzzelen, en zocht ik of sentinel ook zonder node* voorkwam. Toen kwam ik een aantal artikelen tegen met de tekst 'sentinel LNs'. Lymph Node was al eens eerder genoemd in de samenvatting, en nu ging het over de sentinel vorm.

Had ik dit artikel toch bijna gemist.

Iets dergelijk overkwam mij met de Clock Drawing Test. De afkorting CDT kan veel betekenissen hebben en is dus niet bruikbaar maar er was wel een hoog relevant artikel dat ik niet wilde missen, zonder teveel ruis te krijgen. Ik zocht daarom op:

CDT AND (clock* OR draw*)

Op die manier kun je toch de juiste afkortingsbetekenis selecteren. Het had in het eerste geval overigens niet geholpen, want de afkorting SLN was nergens in gebruik.

Dan kom ik wel weer op een artikel waar dan staat 'Sentinel (first tumor-draining) lymph node (SLN) biopsy'. Ja als auteurs dan zo ingewikkeld gaan doen moet je niet klagen dat je artikel niet gevonden wordt ;-)

PubMed myNCBI shared collections omzetten naar een PMID lijst

Ik heb van een klant een MyNCBI collectie gelinkt gekregen die ik wil vergelijken met een zoekactie die ik voor haar heb gedaan.

Normaal gebruik ik dan Display Settings > PMID list, maar dat werkt hiet niet.
Send to Clipboard werkt niet.
Versturen naar EndNote kan ook niet, want Send to file kan alleen als Summary of XML.

Ik heb het dan maar zo opgelost dat ik send to file met opmaak Summary. Vervolgens de tekst 'PubMed [citation]' vervangen door een ^p (harde return) omdat anders het PMID niet op een nieuwe regel begint. Dan de tekst sorteren en het gedeelte dat begint met PMID eruit knippen. Dan nog twee keer zoek en vervang om er een mooie lijst van te maken, die plakken in PubMed en dan heb je er 68 van de 74 gevonden.

Dat zou toch makkelijker moeten kunnen? Waarom hebben ze dat zo dichtgezet?

Refworks niet geschikt voor het echte werk

Als informatiespecialist help ik meerdere keren per week klanten regelmatig met het uitvoeren van literatuuronderzoek voor systematic reviews. Hiervoor importeer ik grote aantallen referenties uit PubMed, Embase en nog wat meer databanken, dedupliceer die in EndNote en geef het bestand mee aan de klant, de onderzoeker die de systematic review gaat uitvoeren.

Veel universiteiten stappen momenteel over op RefWorks. Het biedt veel voordelen waarvan de grootste is dat het volledige webbased is. Ook zou het gebruiksvriendelijker zijn omdat je met direct export een directe koppeling hebt, zonder tussenbestand.

Echter het werk als informatiespecialist is het niet werkbaar. Importeren gaat erg traag, wanneer je voor een systematic review duizenden records moet inlezen kan dat wel een kwartier duren (terwijl de klant zit te wachten). Dedupliceren kan vervolgens op twee manieren, exact of globaal. Bij exact moeten de records exact overeenkomen, wat bij importeren uit twee databases nooit het geval is. PubMed schrijft tijdschrifttitels afgekort (J Am Med Ass), Embase voluit (Journal of the American Medical Association, of JAMA), PubMed kort paginanummers af (145-8) Embase schrijft ze voluit (145-148), PubMed kent maar twee voorletters per auteur, andere databases geven ze allemaal (om nog maar niet te spreken van namen als L. Huang.en H.Li die na onderzoek ook gelijk blijken).

In EndNote dedupliceren we daarom in meerdere stappen: eerst op auteur, jaartal, titel en pagina (de paginanummers kunnen we daar met een foefje omzetten zodat ook de PubMed records niet afkorten), vervolgens gaan we met de velden spelen, zodat uiteindelijk alle dubbelen verdwenen zijn. Wanneer je in Refworks globaal dedupliceert vind je erg veel gelijkende records toch niet hetzelfde zijn. Enorm veel werk om dat allemaal te controleren.

Het werken voor meerdere klanten is niet gemakkelijk. Je kunt folders maken, geen aparte bestanden. Oplossing zou dan zijn om de klant te laten inloggen op zijn eigen RefWorks account, en daar het importeren te doen. Het dedupliceren gaat echter over de hele database, niet per folder. Wanneer de klant bezig is met onderzoek heeft hij/ zij vast al relevante literatuur verzameld en is de klant groot dat een deel daarvan ook in deze zoekactie naar voren zal komen. Met dedupliceren haal je dan de nieuwste records weg, waardoor de aantallen die je in je artikel noemt niet meer kloppen.

Ik ben heel blij dat wij bij het Erasmus MC nog steeds EndNote kunnen gebruiken, en verkondig dat ook aan iedereen die ik over de grote voordelen van RefWorks hoor praten. Een oproep aan alle universiteiten daarom: denk na voordat je overstapt op RefWorks. Maak de grootverbruiker het werk niet onmogelijk.

Meneer van Dalen zoekt anders in PsycInfo

Meneer Van Dalen Wacht Op Antwoord is bekend in de wiskunde. Ook in zoekacties van databases geldt iets dergelijks bij de volgorde van Booleaanse operatoren. OR wordt in de regel afgehandeld voor AND.

Ik had een fout gemaakt in een zoekactie. Op twee pagina's met termen ontbrak een klein woordje OR, die werd dan automatisch en onzichtbaar vervangen door een AND. Maar daardoor kwam ik er achter dat PsycInfo het blijkbaar anders ziet. Invullen van het ontbrekende OR leverde maar 3 hits meer, terwijl in PubMed en Embase in plaats van 500 meer dan 3000 artikelen werden gevonden.

Blijkbaar ziet PsycInfo A OR B C OR D als A OR (B AND C) OR D, terwijl PubMed en Embase er (A OR B) AND (C OR D) in lezen. Vreemd! Het blijft dus zaak je haakjes goed te plaatsen.

PubMed en alternatieve geneeskunde, geen succes

Ik deed vandaag voor een klant een literatuuronderzoek naar alternatieve geneeswijzen bij Sjögren. In PubMed resulteerde dat in 18 artikelen. Embase daarentegen kwam met 300 artikelen. Wat een enorm verschil. Blijkbaar is alternatieve geneeskunde bij PubMed nog niet zo geaccepteerd als bij Embase.

Overigens ook niet zo bij de Nederlandse professie, als je ziet wat de klant onlangs allemaal bij haar promoite over zich heen heeft gekregen (ik noem uit privacy overwegingen geen namen).

PubMed en phrases

Ik word niet goed van die frasen in PubMed.

Vanochtend wou ik zoeken op "use of health care". Nee hoor, dat kennen we niet meneer, u moet zich vergissen. En als ik het aan google vraag vindt ie er duizenden op de site van PubMed.

Vanmiddag zoek ik iets over MRI tussen de chemotherapie en operatie in, dus "after chemoradiation[tw]". Nee hoor, dat bestaat niet, we zoeken wel op after[all fields] en chemoradiation[tw]. En google? Die vindt er 700.

Waarom willen wij bepalen wat geldige frasen zijn? Maken ze het zichzelf zo niet extra moeilijk? Het is in elk geval erg frustrerend.

PubMed doet raar met subheadings

Ik deed voor een klant literatuuronderzoek over de voordelen van 'whole body vibration'. De MeSH term die er bij hoort is vibration. Vibration kan echter twee dingen betekenen, de toevallig vibratie (als je bijvoorbeeld in een vrachtauto rijdt) die schadelijke gevolgen heeft, en vibraties als therapie, bijvoorbeeld op een platform met zo'n schudband achter je rug. De eerste wordt dan de subheading /adverse effects, de tweede /therapeutic use.

Zoek ik echter op "Vibration/therapeutic use"[Mesh] vind ik meer dan 3500 hits. Als ik er doorheen loop zie ik dat de meeste niet de subheading die ik zoek heb, maar juist de adverse effects. Zoek ik dan op "Vibration/therapeutic use"[Mesh] NOT Vibration/adverse effects[mesh] krijg ik maar 500 resultaten.

Iemand enig idee hoe dat komt?

(N.B. Dit is natuurlijk niet de hele zoekactie, daarvoor is het te beperkt)

PubMed doet erg raar met truncatie

Hoe korter de getrunceerde woordstam hoe minder je vindt. Klinkt gek, dat kan niet, zul je denken. Toch werkt het bij PubMed vaak wel zo. Het is dus oppassen geblazen als je een zin trunceert.

Neem het volgende dat ik tegenkwam bij een recente zoekactie.

Ik wou een zoekactie naar child mental health[tw] (467 treffers), child mental disorders[tw] (7), child mental ilness[tw] (9) combineren. Dus ik zoek Child mental[tw]. Echter: geen resultaat!

Met child mental*[tw] worden 65.373 records gevonden. Blijkbaar wordt dit vertaald als child[tw] AND mental*[tw].

De enige juiste manier is child mental *[tw] dus met een spatie voor de asterisk, je vindt dan 485 records. Maar dit is wel heel erg vreemd.

PubMed search builder heeft een leuk handigheidje

Er staat een Clinic online van PubMed over de Search Builder. Die bevatte een leuke tip die ik nog niet kende.

Als je in Advanced Search de Search Builder gebruikt en op [index] klikt zie je meteen hoe vaak een bepaalde subheading is gebruikt.

Ik ben verder niet echt onder de indruk van wat ze laten zien. Zoeken op auteur en affiliatie is nu net waar PubMed niet goed in is, omdat er maar twee voorletters worden genoteerd en alleen de affiliatie van de eerste auteur.

Ook werkt het toevoegen niet handig met de haakjes. Om een AND en OR te combineren met je eerst de OR doen anders krijg je ((maze) AND rats) OR mice) in plaats van ((rats) OR mice) AND maze). Maar wat als je nu verschillende OR zoekacties met een AND wilt combineren. Dan voldoet de Search Builder duildelijk niet. Ik gebruik altijd MS Word daarvoor en verdeel de zoektermen over meerdere regels. Per regel kun je dan synoniemen zoeken voor hetzelfde facet van je zoekactie.

(

zoekterm A OR zoekterm B OR (zoekterm C AND zoekterm D)

)

AND

(

zoekterm E OR zoekterm F

)

Jekunt dit dan niet in de zoekregel plakken, maar wel in het details veld dta in de rechterkolom van de resultaatpagina staat. Maar voor de gemiddelde gebruiker zal dat toch wel te lastig zijn.

Eigen publicaties in PubMed zoeken veel te lastig

Door het ontbreken van een goede auteursindex is het zoeken naar eigen publicaties in PubMed veel lastiger dan in andere databases.

Een klant wilde de publicaties van haar afdeling zoeken. Ze zocht op de namen van wetenschappelijk medewerkers en author affiliatie erasmus. Ze vond bijna niets. Logisch, want MedLine bevat alleen de affiliaties van de eerste auteur.

Zoeken via Scopus maakt het veel gemakkelijker. Scopus dekt alle tijdschriften in Medline. Dat scopus niet zo ver terug gaat als PubMed is in dit geval niet relevant, omdat het over de publicaties van het afgelopen jaar gaat.

In Scopus kun je zoeken op auteur met de affiliatie van de betreffende auteur. De medewerker kan alle wetenschappers van haar afdeling in scopus opzoeken, hun author-ID noteren en deze combineren tot een zoekactie. Scopus exporteert zelfs de PubMed ID's. Helaas staan die alleen in de notes vermeld dus zijn die niet goed in EndNote in te lezen.

Wat EndNote voor ons zou kunnen doen is om het mogelijk te maken delen van velden te gebruiken. Ik zou de informatie achter pubmedid: in de notes bijvoorbeeld willen importeren in het veld accession number.

Publicaties gemakkelijker (relatief dan) op website

Een klant van de bibliotheek kwam met een vraag of we hem konden helpen publicaties gemakkelijker op onze website te plaatsen. Ik bedacht meteen een mogelijkheid. Die had echter nogal wat voeten in de aarde voor een en andere gerealiseerd is. De handleiding bedraagt meer dan 20 stappen:

In het kort gaat het erom de literatuurlijst in hubmed in te voeren, daar de PubMed ID's te verzamelen, daarmee naar PubMed te gaan een RSS te genereren en die in het CMS in te lezen.

Dit vereist echter nogal wat werk:

1. Referentielijst plakken in word
2. Zorgen dat elke referentie op een nieuwe regel staat
3. Er een genummerde lijst van maken
4. Als laatste een valse verwijzing opnemen in de juiste opmaak (bijvoorbeeld 'Gew AS, Rgf HB. Her kjhidfsdjh. Sadl. 2009; 1986(234)). Dit is nodig om te zorgen dat de tussenpagina waarin de PubMed ID's worden getoond niet wordt overgeslagen
5. De referentielijst kopiëren naar www.hubmed.org/citation.htm en op submit klikken.
6. Controleren of de lijst goed is verdeeld en zo niet corrigeren
7. Controleren of de gevraagde artikelen zijn gevonden en zo niet de gegevens handmatig knippen en plakken
8. Zijn er dan nog referenties niet gevonden in PubMed moeten de PubMed ID's nog handmatig worden opgezocht en in kladblok opgeslagen
9. De volgende pagina kopiëren naar kladblok en de tekst 'Aready found' verwijderen
10. De lijst met PubMed ID's kopiëren naar het detail veld van PubMed.
11. (mogelijk moet daarvoor eerst nog een andere zoekactie worden uitgevoerd, anders is het detail veld niet zichtbaar)
12. Een RSS feed creeëren met aantal items gelimit op 100
13. (als je in een pagina meer dan 100 items wilt opnemen moet je twee files maken en die handmatig samenvoegen)
14. Het RSS bestand opslaan op je PC.
    
    het meest ingewikkelde gedeelte komt dan voor rekening van ons CMS Morello.
    
15. Een nieuw content item aanmaken van het type taxonomy en upload daarin het XML document
16. Dit item in een browser bekijken, en de interne servernaam vervangen door www.erasmusmc.nl en de url kopiëren
17. De code voor het XSLT document die je van de bibliotheek hebt gekregen kopiëren en in een kladblok bestand plakken
18. Een nieuw item aan van het type XSLT(nl) aanmaken en daar het zojuist aangemaakte XSLT bestand uploaden, en hetzelfde doen voor XSLT(en)
19. Een nieuw item aan van het type XML aanmaken en verwijzen naar de URL van het taxonomy item
20. De XSLT(nl) en XSLT(en) items aan het XML item koppelen en publiceren

We hebben gemeend dit toch maar iets te moeten vereenvoudigen door de eerste keer bij de klant zelf de bestanden klaar te zetten en het een keer voor te doen. Het blijft ingewikkeld, maar het is nog steeds minder tijdrovend dan alle publicaties handmatig in PubMed opzoeken en de lijst handmatig sorteren op alfabet en de pagina samenstellen met de juiste links (die in ons systeem niet zomaar in de tekst mogen worden geplaatst maar natuurlijk in een database worden opgeslagen).