woensdag 26 januari 2011

PubMed straft kennis van MeSH terms af!

Voor de Automatic Term Mapping van PubMed is het in je nadeel wanneer je weet hoe de MeSH term luidt. Geef je niet de echte MeSH term in maar een synoniem, wordt namelijk automatisch gezocht op dat synoniem als vrije tekst, de MeSH term als MeSH en de MeSH term als vrije tekst. Je krijgt dan meer resultaten.

Erythrocytes"erythrocytes"[MeSH Terms] OR "erythrocytes"[All Fields] OR "erythrocyte count"[MeSH Terms] OR ("erythrocyte"[All Fields] AND "count"[All Fields]) OR "erythrocyte count"[All Fields]176779
Red Blood Cells"erythrocytes"[MeSH Terms] OR "erythrocytes"[All Fields] OR ("red"[All Fields] AND "blood"[All Fields] AND "cells"[All Fields]) OR "red blood cells"[All Fields] OR "erythrocyte count"[MeSH Terms] OR ("erythrocyte"[All Fields] AND "count"[All Fields]) OR "erythrocyte count"[All Fields] OR ("red"[All Fields] AND "blood"[All Fields] AND "cells"[All Fields])200052

Dus maak je gebruik van Autmatic Term Mapping kies dan niet voor de MeSH benaming van je term, maar kies juist voor het belangrijkste synoniem.

Toch... geen van de zoekopties met ATM vindt wat je vindt wanneer je zoekt met veldnamen op:

red blood cell*[tw] OR erythrocyt*[tw] OR erythrocytes[MeSH] (224684)

donderdag 9 december 2010

PubMed doet raar met subheadings

Ik deed voor een klant literatuuronderzoek over de voordelen van 'whole body vibration'. De MeSH term die er bij hoort is vibration. Vibration kan echter twee dingen betekenen, de toevallig vibratie (als je bijvoorbeeld in een vrachtauto rijdt) die schadelijke gevolgen heeft, en vibraties als therapie, bijvoorbeeld op een platform met zo'n schudband achter je rug. De eerste wordt dan de subheading /adverse effects, de tweede /therapeutic use.

Zoek ik echter op "Vibration/therapeutic use"[Mesh] vind ik meer dan 3500 hits. Als ik er doorheen loop zie ik dat de meeste niet de subheading die ik zoek heb, maar juist de adverse effects. Zoek ik dan op "Vibration/therapeutic use"[Mesh] NOT Vibration/adverse effects[mesh] krijg ik maar 500 resultaten.

Iemand enig idee hoe dat komt?

(N.B. Dit is natuurlijk niet de hele zoekactie, daarvoor is het te beperkt)

dinsdag 7 december 2010

Enquete: zo doen we het dus niet

Kreeg op mijn werk de vraag of ik mee wil werken aan een enquete. Meteen bij de eerste pagina (van de 34 in totaal) krijg ik enorme jeuk:


In hoeverre bent u het eens met de volgende stellingen?








Als ik ergens in geloof, zal niets me ervan weerhouden het te realiseren
Sterk mee oneens Mee oneens Enigszins mee oneens Neutraal Enigszins mee eens Mee eens Sterk mee eens







In mijn werk vind ik mijn eigen persoonlijke doelen heel belangrijk
Sterk mee oneens Mee oneens Enigszins mee oneens Neutraal Enigszins mee eens Mee eens Sterk mee eens







In mijn werk vind ik de doelen van mijn collega’s heel belangrijk
Sterk mee oneens Mee oneens Enigszins mee oneens Neutraal Enigszins mee eens Mee eens Sterk mee eens







Ik krijg energie als ik denk aan de dingen die ik wil bereiken
Sterk mee oneens Mee oneens Enigszins mee oneens Neutraal Enigszins mee eens Mee eens Sterk mee eens







Ik ben nerveus van aard
Sterk mee oneens Mee oneens Enigszins mee oneens Neutraal Enigszins mee eens Mee eens Sterk mee eens







Wanneer ik iets zie wat mij niet aanstaat, verander ik het
Sterk mee oneens Mee oneens Enigszins mee oneens Neutraal Enigszins mee eens Mee eens Sterk mee eens

Je hebt zoveel opties, maar niet van toepassing zit er niet tussen. Het was al een herinnering, maar geef mijn portie maar aan fikkie.

vrijdag 3 december 2010

Het oud-Hollandse Sinterklaaslied wordt verkracht!

Ik erger mij de laatste tijd zo aan de moderne sinterklaas CD's die je in elk winkelcentrum hoort. Ieder liedje moet met een beat worden gebracht, en dat kan blijkbaar alleen in een rechte vierkwartsmaat.

Ik hoop dat je begrijpt wat ik bedoel als ik het zo opschrijf. Ieder lettergreep is de tekst op een even lange noot en de vetgedrukte lettergrepen zijn benadrukt.

'Sin-ter-klaas is ja-a-ri-ig' in plaats van het originineel 'Si-in-ter-kla-aas is ja-a-a-ri-i-ig.

En 'Zie ginds komt de stoomboot uit Spanje weer aan' wordt gezongen als 'Zie gi-inds komt de stoo-oomboot uit Spa-an-je weer aa-a-haan'

Ja het wordt er nog erger op doordat Nederlanders van nature geen gevoel voor de after beat (de 2 en 4 uit de vierkwartsmaat) hebben, maar de nadruk op de beat (de 1 en 3) leggen.

donderdag 18 november 2010

Verslag Masterclass Henk van Ess 'Het verborgen web' op #nvb10

Henk begint met een voorbeeld van hoe je out-of-the-box moet denken. Op een nieuwe iphone staat een foto die gemaakt lijkt in de fabriek. Waar staat deze fabriek. Uiteindelijk komen we er door in te zoomen op een bepaalde kabel op de foto. Daar staat een registratienummer, dit nummer in google inzoeken levert een chinees document op. De tekst die erbij staat in het chinees gekopieerd naar google en vervolgens vertalen.

Belangrijk is het na te denken welke bron het meest gezaghebbend is. Gebruik niet standaard de Nederlandse wikipedia, maar ga naar de lokale versie van het onderwerp.

Vb. een gedetailleerde kaart van de voormalige DDR
Zoek niet op deze tekst, zo wordt dat niet omschreven. Wat is een gedetailleerde kaart? Een grote afbeelding, gebruik dan een minimale imagesize. Wanneer bestond de DDR? Zet tussen die jaartallen 3 puntjes (ik dacht altijd dat twee puntjes volstond, want dat zegt google zelf ook, maar nee dus). Je kunt ook op delen van de kaart zoeken bijvoorbeeld de schaal.

Bedenk hoe iets in een document staat omschreven
"whiteboard markers contain"
of
"LSD was discovered in" (mijn eigen verbetering van deze zoekactie:"LSD was first * in 0...2010" want was het discovered of sybthesized of noemen ze het nog anders, en je forceert een jaartal achter de zin?)

Zoek je een omschrijving van iets wat je niet kent, gebruik dan is.
“ontwikkelingsperspectief is” “speciaal onderwijs”

Binnen een string kun je asterisks gebruiken. Die staan dan voor een woord. Je kunt meerdere asterisks gebruiken binnen een string, ook achter elkaar, maar plaats er dan een spatie tussen.

Zoek naar karakteristieke zinnen van een bepaald document. Zoek je een bedrijfsvisie, of missie of hoe ze dat ook maar mogen noemen van ING, zoek dan op

“ing wil een bedrijf zijn dat”

De wetgeving inzake kwaliteitszorg van schoolbesturen is gewijzigd. Welk woord staat er in elke wet? moet! dus:
“schoolbestuur moet” kwaliteitszorg

Zoek je naar een boek, zoek dan op het woord isbn.

Bij waarom vragen staat er in de tekst vaak ‘omdat’ of ‘doordat’.
“walvissen stranden omdat”

Waarom speelt het duitse elftal in zwart wit?
“Deutsche Mannschaft” “schwarz weiss weil”

Stappenplan:

  1. Stel geen vragen
  2. Voorspel het antwoord
  3. Check het antwoord
  4. Als je teveel krijgt slecteer dan de bron
  5. Kies een andere taal (engels of de taal van het gebied)
  6. Gebruik Translate.google.com

Page rank van google wordt bepaald door wordt er over je gepraat en door wie? Google heeft ongeveer 19% van het openbare web geïndexeerd. Alle zoekmachines samen vinden ongeveer 50%. Yahoo, bing en google proberen steeds meer van elkaar te onderscheiden. Gebruik ze naast elkaar als je meer wilt weten.

Google beinvloedt veel van de resultaten. Gebruik liefst www.google.com/ncr (no country region), de meest neutrale google versie. Google gaat namelijk steeds meer bepalen wat je bedoelt. Als je iets echt wilt gebruiken, maar google negeert het, zet er dan een + teken voor.

Soms krijg je een Error 404 melding omdat de pagina niet meer bestaat. Dan werkt de google cache soms nog, maar een andere oplossing is de wayback machine.

Vaak is er sprake van verborgen bronnen! Iets staat niet in de zoekmachine maar is wel op het web aanwezig. Eigenaar van websites mag een robot.txt plaatsen en zeggen dat bepaalde mappen niet doorzocht mogen worden, of bepaalde pagina's zijn dynamisch gegenereerd door middel van een formulier en kunnen niet worden gelezen door een zoekmachine. Dan moet je denken als een kind van 5 jaar.

Verborgen web: zoekmachines en databases waarvan google alleen de voordeur indexeert. Zoek dan de voordeur op met het woord 'zoek' of 'search' en een omschrijving wat je wilt vinden. Of zoek op belangrijke veldnamen (bijvoorbeeld "enter flight number").

Koester je bronnen, kennis etc, maar als je het niet meer weet voorspel een zin, en denk aan de vorm. Als dat mislukt, voorspel onderdelen van het antwoord. Gebruik anders andere zoekmachines, maar als dat niet lukt nog een kans van 50% om het toch te vinden door te zoeken naar de voordeur.

@ns_online Hoe worden de overstapmogelijkheden op de display in de Sprinters bepaald?

Vanochtend in de sprinter van Gouda naar Rotterdam Centraal (hij kwam uit de richting Uitgeest, Amsterdam) werden in Rotterdam (aankomsttijd 8:05) drie overstapmogelijkheden getoond. Als derde mogelijkheid de stoptrein naar Roosendaal van 8:32. Nu is dat alleen relevant voor reizigers die bijvoorbeeld van Breukelen naar Zevenbergen willen, want anders kun je een trein later naar Rotterdam of eerder uit Rotterdam pakken.

Daarom vroeg ik me af: hoe worden die overstapmogelijkheden bepaald? Er zijn toch vast zinvollere treinen om te tonen?

maandag 1 november 2010

Wat een verrassing gisteren: Ik ben onderscheiden voor mijn werk als kerkorganist

Ik ging gisteren naar Bergentheim omdat mijn collega organist Gert Diepenveen 25 jaar in het vak zat. Mijn vrouw en ik zouden een muziekstuk voor hem spelen.

Wie schetst mijn verbazing toen wij klaar waren en ik ook naar voren werd geroepen. Ik ben nog maar 19 jaar organist daar, dus niet echt een jubileum meende ik.

Ik kreeg een bronzen legpenning met oorkonde en een prachtig ingelijste foto van het orgel.

Het mooiste was dat ik echt helemaal niets doorhad en gewoon in het complot meende te zitten. Bekenden die in de kerk zaten kwamen luisteren naar ons spel. Ben ik daar even mooi in getuind! Ik was echt tot tranen toe geroerd.