Literatuurzoeken: het probleem van afkortingen

Ik deed onlangs een zoekactie naar sentinel (lymph) node. Omdat ik ervan uitga dat een afkorting nooit gebruikt mag worden wanneer je niet eerst de volledige term hebt uitgeschreven volstond

sentin* NEAR/3 node*

Echter omdat ik zo weinig hits kreeg (met twee andere elementen erbij slecht 12 in PubMed) ging ik wat verder puzzelen, en zocht ik of sentinel ook zonder node* voorkwam. Toen kwam ik een aantal artikelen tegen met de tekst 'sentinel LNs'. Lymph Node was al eens eerder genoemd in de samenvatting, en nu ging het over de sentinel vorm.

Had ik dit artikel toch bijna gemist.

Iets dergelijk overkwam mij met de Clock Drawing Test. De afkorting CDT kan veel betekenissen hebben en is dus niet bruikbaar maar er was wel een hoog relevant artikel dat ik niet wilde missen, zonder teveel ruis te krijgen. Ik zocht daarom op:

CDT AND (clock* OR draw*)

Op die manier kun je toch de juiste afkortingsbetekenis selecteren. Het had in het eerste geval overigens niet geholpen, want de afkorting SLN was nergens in gebruik.

Dan kom ik wel weer op een artikel waar dan staat 'Sentinel (first tumor-draining) lymph node (SLN) biopsy'. Ja als auteurs dan zo ingewikkeld gaan doen moet je niet klagen dat je artikel niet gevonden wordt ;-)

PubMed myNCBI shared collections omzetten naar een PMID lijst

Ik heb van een klant een MyNCBI collectie gelinkt gekregen die ik wil vergelijken met een zoekactie die ik voor haar heb gedaan.

Normaal gebruik ik dan Display Settings > PMID list, maar dat werkt hiet niet.
Send to Clipboard werkt niet.
Versturen naar EndNote kan ook niet, want Send to file kan alleen als Summary of XML.

Ik heb het dan maar zo opgelost dat ik send to file met opmaak Summary. Vervolgens de tekst 'PubMed [citation]' vervangen door een ^p (harde return) omdat anders het PMID niet op een nieuwe regel begint. Dan de tekst sorteren en het gedeelte dat begint met PMID eruit knippen. Dan nog twee keer zoek en vervang om er een mooie lijst van te maken, die plakken in PubMed en dan heb je er 68 van de 74 gevonden.

Dat zou toch makkelijker moeten kunnen? Waarom hebben ze dat zo dichtgezet?

Wat scopus wel kan (kon) en Web of Science niet

Ik had een handig truc ontdekt voor de evaluatie van tijdschriftabonnementen. Helaas is Scopus geupdate en werkt het nu niet meer. Ik heb het ze al gemeld, hopelijk zetten ze het snel weer terug.

In Scopus zocht ik op affiliation Erasmus MC, en selecteerde de artikelen die onze medewerkers in het afgelopen jaar hebben gepubliceerd. Vervolgens vroeg ik de gerefereerde artiekelen van al die hits op (dat gaat helaas maar van 2000 tegelijk).

Daarmee kreeg ik de 58000 artikelen waaruit onze medewerkers het afgelopen jaar hebben geciteerd! Dat is een interessante lijst! Beter dan de statistieken, want hier zie je aan welke tijdschriften werkelijk behoefte is.

Helaas houdt het nu hier op. In het verleden kon ik met de limits prachtig bekijken in welke tijdschriften deze artikelen gepubliceerd waren (alleen het exporteren naar excel was erg lastig). Sinds scopus een update heeft uitgevoerd gaat het exporteren naar Excel met een druk op de knop, maar nu zijn juist de waardevolle gegevens van de tijdschrifttitels uit de limits verdwenen.

Web of Science komt hier niet in de buurt overigens. Daar houdt het al op bij het vinden van de artikelen die onze organisatie heeft geschreven, want je kunt van die lijst niet in een keer alle gerefereerde artikelen downloaden.

BSGR maakt een zootje van de #WOZ (kassa!)

Bezwaar ingediend tegen de WOZ van vorig jaar. Blijkt de WOZ waarde in het taxatierapport opeens €25000 onder de waarde te liggen waarop de berekening van de gemeentelijke belastingen is gebaseerd.

Voor dit jaar ook bezwaar aangetekend, staat er nu op de site ook een taxatie die doodleuk €11000 lager is dan die waarop mijn belastingen zijn gebaseerd. Wat een zootje maken ze ervan!

KASSA!
Gelukkig had de afhandeling van mijn bezwaar van vorig jaar zolang geduurd dat ik ze in gebreke kon stellen. Het duurde toen nog zolang dat ze mij de maximale boete van €1260 moesten betalen (dat was meer dan de hele gemeentelijke belasting).

Refworks niet geschikt voor het echte werk

Als informatiespecialist help ik meerdere keren per week klanten regelmatig met het uitvoeren van literatuuronderzoek voor systematic reviews. Hiervoor importeer ik grote aantallen referenties uit PubMed, Embase en nog wat meer databanken, dedupliceer die in EndNote en geef het bestand mee aan de klant, de onderzoeker die de systematic review gaat uitvoeren.

Veel universiteiten stappen momenteel over op RefWorks. Het biedt veel voordelen waarvan de grootste is dat het volledige webbased is. Ook zou het gebruiksvriendelijker zijn omdat je met direct export een directe koppeling hebt, zonder tussenbestand.

Echter het werk als informatiespecialist is het niet werkbaar. Importeren gaat erg traag, wanneer je voor een systematic review duizenden records moet inlezen kan dat wel een kwartier duren (terwijl de klant zit te wachten). Dedupliceren kan vervolgens op twee manieren, exact of globaal. Bij exact moeten de records exact overeenkomen, wat bij importeren uit twee databases nooit het geval is. PubMed schrijft tijdschrifttitels afgekort (J Am Med Ass), Embase voluit (Journal of the American Medical Association, of JAMA), PubMed kort paginanummers af (145-8) Embase schrijft ze voluit (145-148), PubMed kent maar twee voorletters per auteur, andere databases geven ze allemaal (om nog maar niet te spreken van namen als L. Huang.en H.Li die na onderzoek ook gelijk blijken).

In EndNote dedupliceren we daarom in meerdere stappen: eerst op auteur, jaartal, titel en pagina (de paginanummers kunnen we daar met een foefje omzetten zodat ook de PubMed records niet afkorten), vervolgens gaan we met de velden spelen, zodat uiteindelijk alle dubbelen verdwenen zijn. Wanneer je in Refworks globaal dedupliceert vind je erg veel gelijkende records toch niet hetzelfde zijn. Enorm veel werk om dat allemaal te controleren.

Het werken voor meerdere klanten is niet gemakkelijk. Je kunt folders maken, geen aparte bestanden. Oplossing zou dan zijn om de klant te laten inloggen op zijn eigen RefWorks account, en daar het importeren te doen. Het dedupliceren gaat echter over de hele database, niet per folder. Wanneer de klant bezig is met onderzoek heeft hij/ zij vast al relevante literatuur verzameld en is de klant groot dat een deel daarvan ook in deze zoekactie naar voren zal komen. Met dedupliceren haal je dan de nieuwste records weg, waardoor de aantallen die je in je artikel noemt niet meer kloppen.

Ik ben heel blij dat wij bij het Erasmus MC nog steeds EndNote kunnen gebruiken, en verkondig dat ook aan iedereen die ik over de grote voordelen van RefWorks hoor praten. Een oproep aan alle universiteiten daarom: denk na voordat je overstapt op RefWorks. Maak de grootverbruiker het werk niet onmogelijk.

iGO zet Zeeland blank

Leuke App van iGO, met kaarten van Europa, maar ze weten blijkbaar niet dat de watersnood van 1953 toch weer grotendeels hersteld is. Heel Zeeland staat blank.

Gelukkig hebben ze wel de ondergelopen delen van de St Elizabethsvloed weer boven water weten te halen...

Vraag blijft nog wel waarom ze die Langeweg zo belangrijk vinden.

Tijdelijke verlaging #overdrachtsbelasting op deze manier onzinnig

Het kabinet heeft aangekondigd met onmiddelijke ingang de overdrachtsbelasting tijdelijk voor een jaar te verlagen naar 2%. Wanneer je het goed bekijkt heeft dit echter maar ongeveer een half jaar effect op de woningmarkt. Ik zal dat uitleggen:

Als ijkpunt wordt de uiteindelijke datum van overdracht, dus het moment dat je bij de notaris zit genomen. Mensen die nu bij de notaris zitten zijn ongeveer een half jaar geleden op huizenjacht geweest, en hebben toen die beslissing genomen om een huis te kopen, wetende dat daar 6% overdrachtsbelasting bij kwam. Die krijgen nu met terugwerkende kracht een cadeautje wat niets toevoegt aan de kwakkelende huizenmarkt.

Mensen die nu gebruik willen maken van de goedkopere overdrachtsbelasting moeten nu als een gek naar een huis gaan zoeken, is er meer vraag, dus stijgt de prijs wordt het effect van die 4% weer te niet gedaan.

Bovendien moeten ze dan wel nu binnen een half jaar ongeveer een voorlopige koopacte hebben getekend, om over een jaar bij de notaris te kunnen zitten.

Het kabinet had beter nu kunnen aankindigen in 2012 de overdrachtsbelasting te verlagen, dan gingen mensen nu kijken en de koopacte in 2012 tekenen. dan heb je een heel jaar de huizenmarkt opgekrikt.