(information specialist)
iqwig doet text analysis voor alle databases door elkaar en
dan per database ook nog speciaal voor de trefwoorden.
makkelijke tools om te gebruiken:
EndNote
terms list kun je gebruiken voor frequency counts, ook
mogelijk om meerder velden te combineren, bijvoorbeeld ti,ab,kw samen.
IQWIG gebruiken ze endnote om keywords in analyseren.
text
analysis is only as good as the references you analyze.
divide set in two sets. randomly. elke soms al met kleine
sets, 40-50 is eigenlijk wel redelijk genoeg.
randomizer recordnumbers: www.randomizer.org te gebruiken om
in endnote te randomiseren (maar voor erg grote aantallen en ontbrekende recordnummers niet goed mee te werken).
endnote > tools > bibliography kun je exporteren een
frequency count naar excel, maar je moet dan nog wel zelf bekijken welke
trefwoorden je wilt gebruiken.
tips voor pubreminer: zet word analyse om in ti_ab en niet ook met tw
veld. pubreminer ook handig voor mesh terms,
maar elke doet dat nu in endnote.
ANTCONC (freeware)
om de meest voorkomende vrije tekst woorden te analyseren.
makkelijk in gebruik, vereist niet veel technische kennis.
vraag om toestemming als je het in een organisatie wilt
gebruiken, Laurence Anthony heeft het ontwikkeld. welke woorden staan links en
rechts van een bepaald woord, concordance tool.
start in endnote, exporteer referenties naar ANTconc, (tekst
in meerder bestanden gesplitst met textwedge). vandaaruit ga je naar excel, en
dat check je met OvidSP (MedLine)
vanuit excel kijk je welke woorden mogelijk interessant
zijn, die woorden bekijk je in AntConc om te zien welke woorden er voor of
achter staan, en neemt dat weer mee naar excel.
output van endnote in title abstract achter elkaar, met
regeleinde, textwedge breekt ze uit elkaar in verschillende tekstbestanden met
steeds een record per bestand.
voegt en extra spatie in in plaats van de leestekens.
bekijken van een woord dat je interessant vindt, welke
woorden je vindt links en rechts ervan. handmatig per woord. kost wel veel
tijd, en lastig dat niet automatisch gebeurt.
antconc analyseert de frequentie in zijn geheel, maar niet
per record. als een record een bepaalde term heel vaak bevat wordt het heel
vaak meegetelt. de frequentie gaat niet over hoeveel artikelen een bepaald
woord bevatten, maar over hoevaak een woord voorkomt in het geheel van alle
teksten.dat is eigenlijk dan de verkeerde analyse.
wordstat
doet aan wordstemming, AntConc niet.
kost wel geld: tussen 1000-2000 euro. julie glanville werkt
altijd met wordstat.
SimStat / WordStat, net als R een statisch pakket.
handig is dat je geen text files hoeft te splitten.
population set importeren in wordstat gaat heel snel, itt
tm.
demo versie die je 30 dagen zou kunnen gebruiken. grafische
interface werk toch niet zo fijn als elke had gehoopt, niet zo goed als
gedacht.
tm in R
is gratis, maar erg gecompliceerd.
R is een statistiek programma. Biostatistiek kent het bij
ons vast wel. De ontwikkelaar gebruikt het niet op de manier waarop IQKIG
gebruikt wordt, zijn enthousiaste mensen nodig. om er aan te werken.
lastig om te leren, met command line, geen user interface
wordt constant geupdate (open source software)
identifying overrepresented terms, en removing irrelevant
terms.
tinn-R text editor om de command lines in te voeren.
wat tm wel doet is de frequency per article, not in total
random sample niet in het systeem gezet, maar zelf gecreeerd
met pubmed, alles van een bepaalde tijd downloaden en bioinformatica of
biostatistiek vragen daar een random sample van te nemen. duurt wel lang om in
te lezen.
sorteren op sensitivity in population set, omgekeerd, welke
woorden komen maar heel weinig voor? maar komen wel vaak voor in onze
ontwikkelset?
tm kan geen phrases herkennen. vanuit tm ga ja dan nog naar
antconc voor de phrases.
theoretisch verhaal
wat is een test set: gouden standaard om een strategy te
genereren en om te valideren.
handmatig doorzoeken, kost wel tijd, en de reviewer is daar
veel tijd mee bezig.
maar alternatief (jenkins, 2004, health info lib):
zoek naar systematic reviews, en gebruik daar de includes
van
of gebruik de related articles van een aantal key articles
in pubmed.
amstar oxman & guyat index: checklist gevalideerd voor
kwaliteit van SR
Posts
