dinsdag 6 maart 2012

Hoe te zoeken in PubMed: [tw] of [tiab] en [MeSH]

In reactie op mijn vorige bericht waarin ik aangeef [tw] te gebruiken kwam een vraag waarom ik liever [tw] gebruik dan [tiab] en [mesh]. Hier zal ik dat uitleggen.

Hoewel je ook een hele discussie kunt houden over het zoeken met veldnamen of het gebruik van Automatic Term Mapping zijn we het er allemaal waarschijnlijk wel over eens dat je PubMed alleen systematisch kunt doorzoeken wanneer je gebruik maakt van veldnamen (als mensen het daarop met mij onseens zijn, graag reactie, dan wijd ik daar ook nog een keer een blog aan).

Zoeken op het veld [tw] doorzoekt 3 velden: title, abstract en mesh terms. Bij Mesh wel de aantekening dat alleen op platte tekst wordt gezocht en niet op explode.

Als je dus geen gebruik wilt maken van de explode functie van [mh] levert zoeken op [mh] niet meer (relevante) hits op dan zoeken op [tw]. een keer je zoekwoord met [tw] erachter is korter, dus verdient mijn voorkeur, waarom een lange zoekregel als het kort kan.

Bijvoorbeeld wanneer je zoekt op dupuytren*[tw] vind je alles wat je vindt in (dupuytren contracture[mh] OR dupuytren*[tiab]). Bovendien vind je ook nog hits met personal names as subject Dupuytren G.
(Merk op dat je met Dupuytren* zonder veldnamen erg veel ruis krijgt, omdat je dan alle publicaties van het Dupuytren ziekenhuis in Limoges vindt).

Een zoekactie als child[tw] is weer minder mooi, want dan krijg je ook bijvoorbeeld parent-child relations[mh], en wie misschien is dat niet relevant voor je vraag. Dan kun je beter zoeken op de specifieke [mh] die wel relevant is in combinatie met [tiab].

Ook wanneer je een brede mesh term zoekt, zoals bijvoorbeeld dementia, kun je beter wel exploden, maar het hoeft niet altijd. Kijk bijvoorbeeld eens naar infusion*[tw]. Alle termen onder parenteral infusions bevatten het woord infusion, dus hoef je niet te exploden (behalve dan hypodermoclysis, wil je dat meenemen of niet).

4 opmerkingen:

Bianca Kramer zei

Mijn belangrijkste bezwaar tegen [tw] (laten) zoeken zit 'm in de mogelijke uitzonderingsgevallen die je noemt: jij neemt je beslissing weloverwogen omdat je (neem ik aan) ook altijd de MeSH-database checkt.

Maar ik wil liever niet dat klanten/studenten die ik net heb uitgelegd waarom ze *niet* zonder veldcode moeten zoeken ivm mapping, denken dat ze klaar zijn door overal [tw] achter te zetten ;-)

Wichor Bramer zei

ik laat dat schema altijd zien in mijn cursussen [tw] gebruiken tenzij...

misschien moet ik het daar een keer omdraaien, is eigenlijk wel beter. Je zoekt op een combinatie van [mesh] en [tiab] maar vergelijk het dan eens met zoeken op [tw]. vind je meer hits of minder, wat mis je. dan kun je kijken of je [tw] goed kunt gebruiken.

zal het nog wel niet kunnen inbouwen in mijn cursus van morgen, maar misschien ook wel.

dank je wel.

(en nu slapen ;-) )

Wichor Bramer zei

Grappig is dat wanneer ik het nu lees ik het er over eens ben dat je inderdaad beter apart [mh] en [tiab] kunt gebruiken dan [tw].
maar wel om een andere reden: bij het vertalen tussen verschillende databases kun je de vrije tekstwoorden vaak een op een omzetten, alleen de syntax aanpassen. Voor mesh terms e.d. moet je echter het equivalent zoeken in de andere thesaurus. Dan is het reg handig als je in je zoekactie markeert wat mesh terms zijn.

Wichor Bramer zei
Deze reactie is verwijderd door de auteur.